Han föddes till Seyyed Abo’l-Qasim(RA– Rahemah-o Allah – Gud vare honom nådig) son till Seyyed Ali Akbar(RA) i den lilla staden Khoei, Iran 1317 e.H (efter Hijrah – Profetens(S) utvandring från Mecka till Medina). Hans fader var en prominent lokal rättslärd. Efter den tidiga religiösa utbildningen under sin far tog han sig till Najaf, Irak, under tretton årsåldern, för högre utbildning. I Najaf studerade han under den tidens största rättslärda, inklusive Seyyed Mohammad Hossein Esfehani(RA), Sheikh Mohammad Hossein Naini(RA), Sheikh Diauddin al-Iraqi och Seyyed Mohsin al-Hakim(RA).
Vid Seyyed Mohsin al-Hakims(RA) bortgång 1390 e.H var Seyyed Khoei(RA) erkänd som en av den tidens ledande religiösa auktoriteter. Seyyed Khoei(RA) har ofta anklagats för politisk tystnad och ett misslyckande i att stå upp mot den Irakiska Ba’atist komitténs många illdåd, som var en ultra-nationalistisk. Men inget kunde ligga längre bort än sanningen. De flesta skaparna till det Islamiska Da’wa partiet var faktiskt studenter till Seyyed Khoei(RA). Många av ledarna till den Islamiska revolutionen i Iran studerade också under Seyyed Khoei(RA) vid en eller annan tidpunkt. För övrigt hade Seyyed Khoei(RA) ett väldigt stort ansvar gentemot seminariet och shia akademin. Hade han talat mot den Irakiska regeringen eller för den Islamiska revolutionen skulle Ba’atisterna ha fått sig en perfekt ursäkt till att totalt förgöra seminariet. Det var därför som, medan han lämnade andra rättslärda i seminariet till att ta hand om den politiska delen, fokuserade Seyyed Khoei(RA) själv sig på akademin och på att skapa andra stora grupper av rättslärda.
Han utförde föreläsningar i högre nivåer om rättslära (Dars al-Kharij) i över femtio år i Najaf seminariet. En detaljrik diskussion om Seyyed Khoeis(RA) bidrag till shi’i rättslära ligger förbi denna artikels kapacitet. Däremot så kan det nämnas att under hans ledarskap producerade seminariet bland de största rättslärda i vår tids generation. Det vore ingen överdrift att påstå att den extrema majoriteten av dagens rättslärda shi’a, inklusive de flesta av dagens Maraji’ Taqlid(rättslärda som man efterföljer), antingen har varit direkta studenter till Seyyed Khoei(RA) eller studerat under hans lärjungar.
Bland hans största studenter var Seyyed Mohammad Baqir al-Sadr(RA), Seyyed Ali Hosseini Sistani(HA-Hafiz-o Allah-må Gud bevara honom), Seyyed Ali Khamenei(HA), Sayyid Sadeq Roohani(HA), Seyyed Sa’eed al-Hakim(HA), Ayatullah Taqi Bahjat Foomani(HA), Sheikh Bashir Hossein Najafi(HA), Sheikh Ishaq Fayyadh(HA), Sheikh Naser Makarem Shirazi(HA) och Sheikh Hossein Waheed Khorasani(HA). Han skrev även sådanna exemplariska verk som al-Bayan Fi Tafsir al-Qur’an, Fiqh al-Qur’an ala’l-Madhahib al-Khamsa och Mu’jam Rijal al-Hadeeth. Den sista är ett överlägset tjugiotvå volyms encyclopedisk set som innehåller biografier om al-Hadith(återberättelser) narrerarna och anses vara otrolig i sin bredd och längd.
Trots sin ståtliga status levde Seyyed Khoei(RA) ett extremt spartanskt liv.
Han bar på slitna skrud, dagliga måltider fick han från sin dotters hus medan en utländsk handelsman hade tagit ansvar för hans alldagliga hushålls bekostnader. Han var alltid oerhört orolig om de troendes tillstånd i världen. Hans studenter narrerar de många gånger de såg honom med mörka säckar under hans ögon. Vid deras förfrågan fick de veta att han hade sett obehagliga nyheter natten innan och hade oroat sig så mycket om de troendes angelägenheter i världen att han inte hade fått sig en blund under hela natten.
Förutom att sända religiösa rättslärda till att ta hand om troende i världens mest avlägsna delar, etablerade han även lärocenter av högre grad i många länder bl.a Afganistan, Pakistan och England. Det välvilliga al-Khoei Fundamentet har publicerat hundratals med böcker i Engelska, Urdu(språk i Pakistan) och Gujarati(viss språk i Indien) men även skapat skolor, sjukhus, barnhem och moskéer runt omkring hela shia världen.
Han var bland de första religiösa auktoriteterna i att skicka personliga representanter så långt österut som Tailand och Malaysia och så långt västerut som USA och Europa. Efter det misslyckade shi’i upproret mot Ba’atisterna 1412 e.H vart Seyyed Khoei(RA) arresterad och tvingades uppträda inför tv sida vid sida med Saddam.
Allmänhetens press fick honom att släppas men han sattes ändå i husarrest. Trots oberättade illdåd som hade begåtts mot honom, hans familjemedlemmar och nära studenter, vägrade Seyyed Khoei(RA) att någonsin tala för Ba’atisterna eller Saddam. 1413 e.H resulterade det försämrande hälsotillståndet i hans bortgång. Under ett regeringsbaserat utegångsförbud beordrades hans familj att hålla i begravningen så snart som möjligt och begrava hans kropp innan gryningen nästa dag. Begravningsbön leddes av Ayatullah Seyyed Ali Sistani(HA) och han lades till att vila nära Imam Alis(A) viloplats i Najaf.